Aby móc prawidłowo zdefiniować czym jest faktura końcowa, należy najpierw zapoznać się z terminem faktury zaliczkowej.
Faktura zaliczkowa wystawiana jest przez dostawcę, po otrzymaniu od Klienta kwoty wstępnej. Istnieje możliwość wystawienia kilku faktur zaliczkowych, w zależności od tego, ile razy odbiorca wpłaca kolejną część sumy przeznaczonej na realizację produktu/usługi. Podczas, gdy Klient dokonuje ostatniej wpłaty, może zostać wystawiona faktura końcowa. Jest więc ona dokumentem kończącym daną transakcję. Powinny się więc na niej znaleźć informacje o wcześniej wystawionych fakturach zaliczkowych. W razie, gdy faktura zaliczkowa stanowi równowartość całkowitej sumy zamówienia, wtedy nie wystawia się faktury końcowej. Nie wystawia się jej także na kwotę zerową.
Przechodząc do rozliczania faktur końcowych, warto pamiętać, że pobrane wcześniej zaliczki, które nie stanowią 100 % wartości zamówienia, nie zaliczają się do przychodów dostawcy i nie są ujmowane w KPiR. Są jednak ewidencjonowane w rejestrach VAT.